Քնի դեպրիվացիայի ազդեցությունը աչքի է ընկնում իր ընտրողականությամբ, այսինքն նա ազդում է ուղեղի այն հատվածների վրա, որոնք ուղղակի կապ ունեն դեպրեսիայի հետ և չի ազդում (կամ մինիմալ ազդեցություն ունի) ուղեղի մյուս հատվածների վրա:
Սրա հետ է հենց կապված այս մեթոդի կողմնակի լայն ազդեցությունների բացակայությունը: Դեպրեսիայի բուժման ժամանակ քնի դեպրիվացիան նպատակահարմար է համատեղել դեղորայքային բուժման հետ, ուղղակի հաշվի առնելով քնի դեպրիվացիայի հետ կապված նրբությունները, նպատակահարմար է,
անքուն գիշերվանից առաջ երեկոյան և հետո ցերեկը, ժամանակավորապես դադարեցնել սեդատիվ դեղամիջոցները, տրանկվիլիզատորները և այլ քնաբեր գործունեություն ունեցող դեղամիջոցները: